molezz BAR 世界尽头

上周文献报告听到一个数据库rice atlas database,感觉不错,文献发在nature genetics,主要是通过大量生物芯片得到数据.会后查了一下,看看一些基因表达有没有收录在里面作为参考.

进入首页后,我就直奔search database,不过进去后发现一头雾水,不知道该输入什么,随便输了2个关键词和序列,都找不到.后来经过一个师弟提醒,尝试使用国际基因名,搜到了….后来发现还支持Oligo ID和gramene的基因名.

选上Show Graph就能比较直观的看到表达强弱对比了,对我来说足够了….虽然我看不懂底下表格那些值…应该是生物芯片里的强弱(PS,网站有bug,点击export无法正确另存为csv或excel).

虽然叫做Rice Atlas Database,不过其实并没有收入水稻所有时期组织的表达情况.主要就是苗的根和叶及其相关组织,根尖,表皮等等,没有花和茎.作为参考就行,毕竟水稻中做的芯片数据不如拟南芥那么全.

参考文献:
A transcriptome atlas of rice cell types uncovers cellular, functional and developmental…

忍受不了最近我要安家频繁的挂掉,于是这两天酝酿换个空间,本来打算买国外的,无奈平均6-7刀/月的价格不适合我这样的小站…..最后参考了paopao的空间服务商梦游,口碑不错(后来听Klaith说justin和komyc也是),于是昨晚买了学生型100M(php+mysql+邮局共享),100RMB/年,对于我这种图片全外链的小blog足够了.顺便同时在godaddy上买了新域名molezz.net.14刀/2年,感觉不错,至少域名还是和国内价格差不多的….

至于wordpress的搬家就方便多了…我要安家和梦游都有phpMyAdmin提供,于是导出导入就行了…注意编码就行,我都是utf8…统一就行.然后用phpMyAdmin把wordpress里的option改成新的域名(即wp安装地址url),再登入wordpress后台修改blog地址url

不过我要安家也不是一无是处..至少价格便宜,域名绑定多,而且支持域名绑定到子目录,尤其后者方便自己子域名的架站.梦游刚开始用,昨天碰到一点点小问题就是ftp登不上去(无法列出目录或是无法上传,flashfxp,ftprush都是,paopao说没问题,可能还是我的问题),不过后来通过在线文件管理完成了搬家,无所谓咯,毕竟搬完家后期ftp用到的不多.

GTD估计是去年很火的一个词了,其实最后很多人总结是纸加笔最好,不过对于不常带本子的我来说,一直带在身上的手机记录查看最方便了,而手机毕竟小,操作不如电脑方便,所以同步又很重要.其实适合自己的就行.

其实我虽然平时并没有太多要记录的东西,不过事多了还是早作记录规划比较好,而我用到的主要就是gmail和remember the milk(RTM),不过要基于firefox和operamini.

在电脑上用firefox打开gmail是开电脑后必做的一件事,而RTM确实是好东西,它的firefox插件能很好的与gmail整合,中间处理邮件,右侧是待办事项,左侧是gtalk,label等等,非常高效的整合界面.为了通用性(在没有ff的地方登陆),所以左侧我还增加了一个RTM的gadget备用.RTM的ff插件能与gmail同步,即将指定条件的邮件增加到待办事项中,比如我规定了RTM监视follow这个label,一旦我将某邮件标记,那么会自动添加事项到RTM(右侧)且不刷新主界面,而一旦完成,取消label后,RTM也会自动删除这个事件.RTM添加事件非常智能化,会自动判断,比如写入”回信xxx 5.9 14pm”,那么它会自动在指定日子时间生成事件.

另外还有一点就是在手机端的应用,由于电脑毕竟不是时时在身上,有时起床或是睡前只想看下行程,那么在手机上用operamini打开RTM的tasklist也是非常快的.而不同平台的手机都可以opera,所以我选择用这个浏览,当然RTM官网也提供了黑莓,WM,iphone等的同步插件(pro用户),不过我还是习惯用浏览器,毕竟我相信..浏览器终会一统客户端,以后只要打开浏览器,就等于大半个操作系统了,至于webOS不是不可能…

昨天中国宣布成功研制出猪感染甲型H1N1病毒检测试剂盒,由于我是学生物的,于是就好好看了一遍,不过由于主攻方向不是这方面,所以只是以自己所学来解释分析这个试剂盒.

试剂盒理论上应该分为以下几个部分:
1.组织RNA的提取(病毒的遗传物质是RNA,而不是DNA)
2.RNA的纯化
3.RNA的反转录(RT-PCR)
4.PCR鉴定

新闻中提到”适用于检测猪组织、分泌物和培养物的甲型H1N1病毒核酸，应用该方法可在5小时内获得检测结果”。我就大致解释下这方面的时间

1.由于是检测猪组织分泌物和培养物,所以首先可以利用trizol进行RNA的提取.具体方法类似于 利用Trizol提取植物组织RNA ,这一步骤视材料多少大约需要40分钟到60分钟
2.由于提取的组织RNA中含有DNA组分,为了避免对结果产生影响,一般需要进行DNA酶解去除步骤,如果量大,则需要氯化锂沉淀纯化.考虑到试剂盒是快速检测,一般可能只是进行DNA酶处理去除DNA,方法类似于promega试剂盒,此过程大约需要50分钟到60分钟
3.RNA的反转录(RT-PCR),即将RNA反转录成DNA,方法参考fermentasRT-PCR试剂盒,此过程大约需要80分钟到90分钟
4.最后就是将得到的DNA进行PCR扩增,利用琼脂胶查看是否有H1N1的特异性条带.根据检测片段的长度,此过程时间最长,基本需要2小时到3小时.

综合算来,如果顺利的话基本能在5小时得到结果.
大致解释下,如果有错,多多交流~~~

在水源2000天了,5年了.想起这个水源ID,基本是在诞生的同时成为了我网上的各类需要注册的地方的ID,gmail,msn,论坛,域名等等.

molezz不好念,我也么想过怎么念,其实ID分2部分,mole-zz.原先只是想要mole的,因为我初中时的外号(鼹鼠)所致,无奈有人了,于是就加上了zz,名字(zhangzheng)的缩写.没想到效果出奇的好,从此注册都没有遇到过”该ID已存在”的情况.而想注册mole或是zhangzheng时总是拿不到.至于怎么念,反正在网上基本没有这样的机会,无所谓了.

在水源5年,发贴量一般般6000多贴,平均每天才3贴,其实大部分都是当年大四时没事干做板主那时的热情发的,现在基本进入完全潜水期….基本就是在3区的一些板上随便看看回回….

最近发现也有2个类似ID组成的人,terryxxy和coolxll,其实估计还有好多,只不过最近没碰上….

最近越来越发现TP-LINK的WN321G+是个非常实惠的全能USB无线网卡.虽然其信号一般,但是实用性很强.,RT73芯片帮了大忙

首先作为无线网卡我就不多说了,而且可以用于wep破解,方法可以看以前的介绍<如何利用BT3中spoonwep工具破解wep加密无线信号>.这两天我又试着在网上搜索关于这块卡能不能作为软ap用…原因是我的笔记本通过ad-hoc连接至台机时经常断,不稳定,不管是xp还是win7下都不理想.结果还真能设置,看了2个帖子,有个帖子的方法成功了.由于原帖比较简略,我就自己摸索了下.简单介绍下吧,usb网卡做软ap可以省下不少钱,而且节约空间,便携性强.

1.卸载原先的321G+驱动,下载ralink的驱动和软件(官网地址),双击安装
2.选择Ralink Configuration Tool,再选择Optimize for Performance mode,这点比较重要,会自动装上兼容的RT73驱动,否则会不成功,开始我按另个教程就没注意这点.
阅读全文…

上次介绍了一款启动子预测工具,今天偶尔看到一个网站收录了好几个这方面的在线工具,包括原核和真核的启动子及终止子分析.也包括上次介绍的NNPP

除了列出了工具的网址,还有简单介绍和相关的参考文献,方便对于工具的可信度和对比性进行进一步分析,不过仍然没有专门针对植物方面的.

PROMOTERS & TERMINATORS

Neural Network Promoter Prediction 
(Berkeley Drosophila Genome Project, U.S.A.)(Reference: M.G. Reese 2001. Comput. Chem. 26: 51-6).
 
Promoter 2.0 Prediction Server 
(S. Knudsen,Center for Biological Sequence Analysis, Technical University of Denmark)
 - predicts transcription start sites of vertebrate Pol II promoters in DNA sequences

周末把blog程序改成使用wordpress.花了一点时间在插件和模板上.数据没有完全导入过来,觉得没有必要,重新开始添加也无所谓,反正原blog站点仍然能访问.
新地址:http://bar.molezz.org RSS不变

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