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明天去北京植物所实验,查好线路备忘

molezz — Mon, 24 Aug 2009 12:00:40 +0000

地铁2号线 -从北京站出发 – 10.6 公里 – 到达西直门 – 634路(360慢) – 从西直门出发 – 18.7 公里 – 到达北京植物园南门 – 前往北京市海淀区香山南辛村20号（需要大约 98 米）

植物分子暑期班

molezz — Tue, 11 Aug 2009 11:07:00 +0000

植物分子暑期班过半,听了2天的报告,今天由于要提取RNA,所以没去.虽然我不喜欢听报告讲座,但是也不得不承认总是有收获的…

原先接触到一个外源添加实验,本来希望通过外源添加一些试剂去影响植物的表型,结果没有得到结果.这次讲座中正好听到一模一样的实验想法,也是外源试剂没有影响,不过并不代表这一试剂本身没有影响,而是可能由于各种各样的原因试剂没有到达所需部位,不过他们实验室使用了一个构建进行内源表达,得到了预期的结果,挺不错,也许打算去要过来自己也做下尝试…

DNA序列反向互补工具–php tool

molezz — Wed, 15 Jul 2009 15:22:40 +0000

这两天看了些php的应用,发现php网络应用真是方便…根据前几章关于string的知识写个生物小应用复习下. 以前总是利用网上的dna反向互补工具,但是有时候不能连接,后来用了sms,非常方便,支持下载到本地使用.自己用用php也不错, 练习练习代码.

主要实现以下功能:
1.反向互补….
2.去除多余字段(数字,空格,主要ncbi上下来的序列多含有数字和空格)
3.提示含有非碱基字符,有些时候SNP的出现需要保留

未实现功能:
本来想在原始序列中突出显示非碱基字母,比如红色显示,结果没有成功….substr_replace()无法应用在上面…暂时看到的知识想不出其他解决方案了,先等等吧,下次会了再改,反正问题不大.

演示: DNA rev-complement tool
代码:(~~有点乱,有些地方觉得能简洁,但似乎没有找到可行的简洁之法,主要是去除序列中数字那段~~,后来发现ereg_replace()能实现,方便多了)


DNA rev-complement tool


	 $PHP_SELF; ?>" method="GET">
      Enter your original DNA sequence: 
      
(numbers and whitespaces will be deleted, non-base letters will be unchanged and you'll have a warning.)
    
 




 
	$input =$_GET['seq'];
	if (empty($input)) {
	}	else {
			$output=strtolower($input);
			for ($i=0;$i<strlen($input);$i++) {
				switch ($output{$i}) {
					case 'a':
						$output{$i}= 't';
						break;
					case 'g':
						$output{$i}= 'c';
						break;
					case 'c':
						$output{$i}= 'g';
						break;
					case 't':
						$output{$i}= 'a';
						break;	
					default:
						$error=true;  //判断是否有非a,g,c,t碱基字母
						break;
				}
			}
		$output = strrev($output);  //反向
		$output = ereg_replace('[@[:digit:][:blank:]]','', $output); //去除数字空格
		if ($error==true) {
			echo "warning: there are some non-base input
"; //输出些警告提示,不影响序列处理
		}
		echo "the reverse complement sequence:
 $output


";
		echo "the original sequence:
 $input";
	}
?>

成本

molezz — Mon, 22 Jun 2009 15:09:58 +0000

以前一直以为随着雇员的增多成本自然会下降,或是随着产品产量增多,也能降低成本.最近看到曼昆<经济学原理>中成本那章时才了解到以前的想法多么片面.

其实开始平均成本是会降低,但是到一个点时,平均成本则会迅速上升.对于2台机器,开始雇1个人,只能操作一台,比较浪费,雇2人时,则能充分利用,此时平均成本是下降的,但是当出现第三个人时,则必须协商,此时边际成本开始提高.人数的增多不单是工资等成本上升,我觉得更麻烦的是协调所产生的成本的升高,人越多,协调,人际所产生的边际成本更加难以控制,也许会突然增加很多,导致产量等急剧下降.而且我认为协调这点影响更大….人际关系有时真是难说.

另外在frankl的对机会成本的理解及留言中也对机会成本有了进一步的了解,不过说句老实话,例二不太好说,分为短期和长期.就像曼昆的例子那样,高中毕业选择NBA还是高校,这个机会成本可能在10年内和10年后差别很大.否则我们这些读硕士博士的都是在损失了巨大利益的情况下走向未知的未来….所以机会成本有时很难在人生中算的准,不过我还是尝试学会用这种思考方式去进行权衡取舍.

虽然不是学经济的,不过看经济方面的书收获也颇丰.提升机会成本的一种方法就是耐得住寂寞….

学会了real time PCR的基本方法

molezz — Sat, 30 Aug 2008 23:50:00 +0000

前2周由于老板提出对RT PCR(Reverse transcriptase-PCR)的质疑,因此要求进行real time PCR验证,我想正好学习一下新东西.以前看GMO组的real time花花绿绿的曲线,完全没有头绪,经过这次实战,总算基本了解了其中的一些含义,虽然还有很多不明白.实验主要使用SYBR Green I测量,这个是real time PCR最基础使用的试剂.

第一次做的时候,居然模板只加了1ul,虽然最后的结果不弥散,不过还是不应该,模板量高才能减少误差,RT基本原理.后来进行的一次,增加了模板的量, 不过有2个样效果偏差比较大,据说机器最近有些孔有问题,打算等自己实验室的机器修好了再做一次,顺便把expression pattern也做一次看看.最近和张博讨论到我的结果,指出缺少actin对照….看来我还要接着再做几个,他指出最后老板肯定是要一个柱状图,这我倒是不会做,到时再请教了.

还是学些新东西比较对我的脾气,我喜欢多学点东西,而不是每天做着同一样重复步骤,虽然操作熟练是必要的,但是我读博士可不是为了狭窄的那一点点实验技术.增加更多的见识,今后出来才能多多变通.

使用leica TCS SP5观察荧光染色

molezz — Tue, 26 Aug 2008 16:51:00 +0000

前阵子由于原先使用的confocal显微镜挂了,一直没有地方观察微丝,好在后来联系了Leica的一个实验室,能让我们临时试用下.

上周去进行观察,使用TCS SP5,很新的一个型号,使用下来效果也非常好,以前根前部生长区的细胞由于非常小,一直观察不清楚,没想到用SP5 63倍的物镜观察的非常清晰.无论是整体观察还是框出其中一个细胞进行说明,都很直观.

应了一句话,”工欲善其事,必先利其器”,但是可能老板没钱,要是能有这样一台机器就好了,毕竟跑去观察一周只能做一批材料,要是自己有,没准一天4批了…..据说新学期老板买了台普通荧光显微镜,价格是confocal的1/3,不过我觉得要是有钱还是直接 confocal好,毕竟最后文章中用的全是confocal的图,拍摄数据记录也详细,所谓一步到位嘛.

回来后只要去下载LAS AF Lite进行照片的导出就行了,挺方便的,不需要在那直接存好tif回来处理,反而缺少很多信息.