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当香蕉遇上液氮

molezz — Fri, 18 Sep 2009 07:24:28 +0000

看过the big bang theory的一定记得有一集莱斯里将香蕉扔到液氮里敲碎了和麦片吃…(原因是没有knife…)
最近正好有根香蕉没事干,就照做了一下(小孩请在大人指导下操作…).

首先当然是准备了一个装有液氮的容器….泡沫盒是比较方便的了,实验室俗称”冰盒”,装入适量液氮,然后就把香蕉剥皮扔进去…等待了3分钟,估计冻的差不多了…

拿出来,果然硬邦邦的….(操作请使用镊子,液氮-196度)

拿个小铁棍一敲…

再敲

最后想说一句….这玩意真不能吃,千万别学电视…我放了一小块在嘴里…舌头冻伤了一点…

PyMOL–一款强大的开源分子可视化系统

molezz — Wed, 19 Aug 2009 09:16:17 +0000

最近由于在课题中发现氨基酸序列在pfam中又有了新的预测结果(SMART中没有,看来pfam数据更新更频繁),于是又需要进行一些序列的二级及三级结构简单预测,并进行相关的观察,由于很久没有搞这些东西了,有点生疏,于是重新尝试看pdb文件的软件,以前用的protein explorer和yasara感觉不太好用了…于是又发现了一个很不错的开源分子可视软件–PyMOL (下载).

比起yasara, PyMOL运行更迅速,跨平台(mac, win和linux都能用), 虽然yasara的渲染很不错,不过PyMOL也能导出为povray格式进行渲染.Protein explorer太老了,只能运行于firefox2.0以下和IE6, 我的电脑上都没有.

PyMOL打开界面分3块,viewer,console和GUI(如图), 一般来说大部分简单的观察通过viewer就行了, 操作不是很复杂. 举个列子,如果要用cartoon形式观察蛋白分子,打开pdb文件,比较乱,可以先hide everything, 然后选择show cartonn(其他依次类推,show surface,show ribbon等等), 然后进行上色, 即color, 比如 by ss -> helix sheet loop 就将分子按照螺旋, 折叠和loop进行染色, 方便观察比较.

其他有些更高级的应用我自己暂时还没用上…以后继续研究…比如动画, 特定分子观察等等. 导出可以用save image as 存为png或是pov文件进行渲染. 当然PyMOL自己也提供了一些渲染,不过由于还是测试版, 图面上会有水印, 还是先存为povray进行更好的渲染比较合适(需要的话), 一般使用PNG效果也很不错了.

DNA序列反向互补工具–php tool

molezz — Wed, 15 Jul 2009 15:22:40 +0000

这两天看了些php的应用,发现php网络应用真是方便…根据前几章关于string的知识写个生物小应用复习下. 以前总是利用网上的dna反向互补工具,但是有时候不能连接,后来用了sms,非常方便,支持下载到本地使用.自己用用php也不错, 练习练习代码.

主要实现以下功能:
1.反向互补….
2.去除多余字段(数字,空格,主要ncbi上下来的序列多含有数字和空格)
3.提示含有非碱基字符,有些时候SNP的出现需要保留

未实现功能:
本来想在原始序列中突出显示非碱基字母,比如红色显示,结果没有成功….substr_replace()无法应用在上面…暂时看到的知识想不出其他解决方案了,先等等吧,下次会了再改,反正问题不大.

演示: DNA rev-complement tool
代码:(~~有点乱,有些地方觉得能简洁,但似乎没有找到可行的简洁之法,主要是去除序列中数字那段~~,后来发现ereg_replace()能实现,方便多了)


DNA rev-complement tool


	 $PHP_SELF; ?>" method="GET">
      Enter your original DNA sequence: 
      
(numbers and whitespaces will be deleted, non-base letters will be unchanged and you'll have a warning.)
    
 




 
	$input =$_GET['seq'];
	if (empty($input)) {
	}	else {
			$output=strtolower($input);
			for ($i=0;$i<strlen($input);$i++) {
				switch ($output{$i}) {
					case 'a':
						$output{$i}= 't';
						break;
					case 'g':
						$output{$i}= 'c';
						break;
					case 'c':
						$output{$i}= 'g';
						break;
					case 't':
						$output{$i}= 'a';
						break;	
					default:
						$error=true;  //判断是否有非a,g,c,t碱基字母
						break;
				}
			}
		$output = strrev($output);  //反向
		$output = ereg_replace('[@[:digit:][:blank:]]','', $output); //去除数字空格
		if ($error==true) {
			echo "warning: there are some non-base input
"; //输出些警告提示,不影响序列处理
		}
		echo "the reverse complement sequence:
 $output


";
		echo "the original sequence:
 $input";
	}
?>

imageJ使用教程之–样本长度测量

molezz — Fri, 05 Jun 2009 03:10:21 +0000

最近实验室突然有个师姐问我imageJ的测量方法….以前虽然用来细胞计数,不过早忘了怎么用了,重新开始琢磨,经过师兄的协助,简单整理下imageJ测量图片中样本长度的方法.

1.去官网下载imageJ程序,安装后运行,打开所需图片,选择直线工具(主工具栏straight line),对照拍照时的标尺画出一根同样长度的线,如下图.如果需要精确,可以按ctrl+增大图像.

2.打开主菜单的analyze–>set scale,在打开的窗口中设置known distance为标尺长度,如上图输入2.5,在unit of length输入单位,如图um(默认是cm),在下面可以看到具体的像素单位比例

3.开始测量具体位置,关闭设置窗口后,利用直线工具划出具体要测量的部位,并按键盘M键,在打开的results窗口会自动记录长度,area数值表示具体像素值,最后的length既是换算后的长度,多个位置可以重复划线,按M记录,3次读数就划三次.最后results窗口save as保存为excel文件进行后续处理.

imageJ在生物学图片后期处理中功能强大,不过文档读起来确实有点累.

Real-Time(RT)定量PCR仪器rotor-gene操作使用教程

molezz — Wed, 20 May 2009 03:06:36 +0000

去年做过一次Real-Time PCR(RT-PCR),最近又要做,却突然发现已经忘了怎么操作rotor-gene这个软件了,看来有时记录还是很重要的,尤其是做的次数少的实验,所以整理下操作步骤.下次简单记录下后期数据的分析处理.由于操作的是rotor-gene和SYBR Green I,所以底下以此为做法操作.

1.运行软件,选择SYBR Green(R) I (如果使用taqman探针,则选择dual labeled probe程序)

2.根据管子选择平头还是凸头管

3.选择fam/sybr,edit profile,hold处选择时间和温度,如94度8分钟

4.cycling处设置变性,退火,延伸温度和时间,可以直接用鼠标拉动边缘调节(如果使用taqman探针则用两步法,94度15秒,60度1min).循环数45-50

5.点击start run,选择保存位置,开始运行

6.可以看运行所需时间,xx minutes remaining,时间到自动结束,打开保存文件分析即可

Rice Atlas Database — 一个水稻表达图表数据库

molezz — Wed, 13 May 2009 16:58:09 +0000

上周文献报告听到一个数据库rice atlas database,感觉不错,文献发在nature genetics,主要是通过大量生物芯片得到数据.会后查了一下,看看一些基因表达有没有收录在里面作为参考.

进入首页后,我就直奔search database,不过进去后发现一头雾水,不知道该输入什么,随便输了2个关键词和序列,都找不到.后来经过一个师弟提醒,尝试使用国际基因名,搜到了….后来发现还支持Oligo ID和gramene的基因名.

选上Show Graph就能比较直观的看到表达强弱对比了,对我来说足够了….虽然我看不懂底下表格那些值…应该是生物芯片里的强弱(PS,网站有bug,点击export无法正确另存为csv或excel).

虽然叫做Rice Atlas Database,不过其实并没有收入水稻所有时期组织的表达情况.主要就是苗的根和叶及其相关组织,根尖,表皮等等,没有花和茎.作为参考就行,毕竟水稻中做的芯片数据不如拟南芥那么全.

参考文献:
A transcriptome atlas of rice cell types uncovers cellular, functional and developmental…

甲型H1N1病毒检测试剂盒分析解释

molezz — Mon, 04 May 2009 12:11:38 +0000

昨天中国宣布成功研制出猪感染甲型H1N1病毒检测试剂盒,由于我是学生物的,于是就好好看了一遍,不过由于主攻方向不是这方面,所以只是以自己所学来解释分析这个试剂盒.

试剂盒理论上应该分为以下几个部分:
1.组织RNA的提取(病毒的遗传物质是RNA,而不是DNA)
2.RNA的纯化
3.RNA的反转录(RT-PCR)
4.PCR鉴定

新闻中提到”适用于检测猪组织、分泌物和培养物的甲型H1N1病毒核酸，应用该方法可在5小时内获得检测结果”。我就大致解释下这方面的时间

1.由于是检测猪组织分泌物和培养物,所以首先可以利用trizol进行RNA的提取.具体方法类似于利用Trizol提取植物组织RNA ,这一步骤视材料多少大约需要40分钟到60分钟
2.由于提取的组织RNA中含有DNA组分,为了避免对结果产生影响,一般需要进行DNA酶解去除步骤,如果量大,则需要氯化锂沉淀纯化.考虑到试剂盒是快速检测,一般可能只是进行DNA酶处理去除DNA,方法类似于promega试剂盒,此过程大约需要50分钟到60分钟
3.RNA的反转录(RT-PCR),即将RNA反转录成DNA,方法参考fermentasRT-PCR试剂盒,此过程大约需要80分钟到90分钟
4.最后就是将得到的DNA进行PCR扩增,利用琼脂胶查看是否有H1N1的特异性条带.根据检测片段的长度,此过程时间最长,基本需要2小时到3小时.

综合算来,如果顺利的话基本能在5小时得到结果.
大致解释下,如果有错,多多交流~~~

一个启动子终止子预测工具集合站

molezz — Mon, 27 Apr 2009 10:59:40 +0000

上次介绍了一款启动子预测工具,今天偶尔看到一个网站收录了好几个这方面的在线工具,包括原核和真核的启动子及终止子分析.也包括上次介绍的NNPP

除了列出了工具的网址,还有简单介绍和相关的参考文献,方便对于工具的可信度和对比性进行进一步分析,不过仍然没有专门针对植物方面的.

PROMOTERS & TERMINATORS

Neural Network Promoter Prediction 
(Berkeley Drosophila Genome Project, U.S.A.)(Reference: M.G. Reese 2001. Comput. Chem. 26: 51-6).
 
Promoter 2.0 Prediction Server 
(S. Knudsen,Center for Biological Sequence Analysis, Technical University of Denmark)
 - predicts transcription start sites of vertebrate Pol II promoters in DNA sequences