看过the big bang theory的一定记得有一集莱斯里将香蕉扔到液氮里敲碎了和麦片吃…(原因是没有knife…)
最近正好有根香蕉没事干,就照做了一下(小孩请在大人指导下操作…).
首先当然是准备了一个装有液氮的容器….泡沫盒是比较方便的了,实验室俗称”冰盒”,装入适量液氮,然后就把香蕉剥皮扔进去…等待了3分钟,估计冻的差不多了…
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最近由于在课题中发现氨基酸序列在pfam中又有了新的预测结果(SMART中没有,看来pfam数据更新更频繁),于是又需要进行一些序列的二级及三级结构简单预测,并进行相关的观察,由于很久没有搞这些东西了,有点生疏,于是重新尝试看pdb文件的软件,以前用的protein explorer和yasara感觉不太好用了…于是又发现了一个很不错的开源分子可视软件–PyMOL (下载).
比起yasara, PyMOL运行更迅速,跨平台(mac, win和linux都能用), 虽然yasara的渲染很不错,不过PyMOL也能导出为povray格式进行渲染.Protein explorer太老了,只能运行于firefox2.0以下和IE6, 我的电脑上都没有.
PyMOL打开界面分3块,viewer,console和GUI(如图), 一般来说大部分简单的观察通过viewer就行了, 操作不是很复杂. 举个列子,如果要用cartoon形式观察蛋白分子,打开pdb文件,比较乱,可以先hide everything, 然后选择show cartonn(其他依次类推,show surface,show ribbon等等), 然后进行上色, 即color, 比如 by ss -> helix sheet loop 就将分子按照螺旋, 折叠和loop进行染色, 方便观察比较.
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这两天看了些php的应用,发现php网络应用真是方便…根据前几章关于string的知识写个生物小应用复习下. 以前总是利用网上的dna反向互补工具,但是有时候不能连接,后来用了sms,非常方便,支持下载到本地使用.自己用用php也不错, 练习练习代码.
主要实现以下功能:
1.反向互补….
2.去除多余字段(数字,空格,主要ncbi上下来的序列多含有数字和空格)
3.提示含有非碱基字符,有些时候SNP的出现需要保留
未实现功能:
本来想在原始序列中突出显示非碱基字母,比如红色显示,结果没有成功….substr_replace()无法应用在上面…暂时看到的知识想不出其他解决方案了,先等等吧,下次会了再改,反正问题不大.
演示: DNA rev-complement tool
代码:(有点乱,有些地方觉得能简洁,但似乎没有找到可行的简洁之法,主要是去除序列中数字那段,后来发现ereg_replace()能实现,方便多了)
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去年做过一次Real-Time PCR(RT-PCR),最近又要做,却突然发现已经忘了怎么操作rotor-gene这个软件了,看来有时记录还是很重要的,尤其是做的次数少的实验,所以整理下操作步骤.下次简单记录下后期数据的分析处理.由于操作的是rotor-gene和SYBR Green I,所以底下以此为做法操作.
1.运行软件,选择SYBR Green(R) I (如果使用taqman探针,则选择dual labeled probe程序)
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最近实验室突然有个师姐问我
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