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Archive for August, 2009

明天去北京植物所实验,查好线路备忘

August 24th, 2009 No comments


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地铁2号线 -从北京站出发 – 10.6 公里 – 到达西直门 – 634路(360慢) – 从西直门出发 – 18.7 公里 – 到达北京植物园南门 – 前往北京市海淀区香山南辛村20号(需要大约 98 米)

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PyMOL–一款强大的开源分子可视化系统

August 19th, 2009 4 comments

最近由于在课题中发现氨基酸序列在pfam中又有了新的预测结果(SMART中没有,看来pfam数据更新更频繁),于是又需要进行一些序列的二级及三级结构简单预测,并进行相关的观察,由于很久没有搞这些东西了,有点生疏,于是重新尝试看pdb文件的软件,以前用的protein exploreryasara感觉不太好用了…于是又发现了一个很不错的开源分子可视软件–PyMOL (下载).

比起yasara, PyMOL运行更迅速,跨平台(mac, win和linux都能用), 虽然yasara的渲染很不错,不过PyMOL也能导出为povray格式进行渲染.Protein explorer太老了,只能运行于firefox2.0以下和IE6, 我的电脑上都没有.

PyMOL打开界面分3块,viewer,console和GUI(如图), 一般来说大部分简单的观察通过viewer就行了, 操作不是很复杂. 举个列子,如果要用cartoon形式观察蛋白分子,打开pdb文件,比较乱,可以先hide everything, 然后选择show cartonn(其他依次类推,show surface,show ribbon等等), 然后进行上色, 即color, 比如 by ss -> helix sheet loop 就将分子按照螺旋, 折叠和loop进行染色, 方便观察比较.
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植物分子暑期班

August 11th, 2009 No comments

植物分子暑期班过半,听了2天的报告,今天由于要提取RNA,所以没去.虽然我不喜欢听报告讲座,但是也不得不承认总是有收获的…

原先接触到一个外源添加实验,本来希望通过外源添加一些试剂去影响植物的表型,结果没有得到结果.这次讲座中正好听到一模一样的实验想法,也是外源试剂没有影响,不过并不代表这一试剂本身没有影响,而是可能由于各种各样的原因试剂没有到达所需部位,不过他们实验室使用了一个构建进行内源表达,得到了预期的结果,挺不错,也许打算去要过来自己也做下尝试…

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